Détection des génomes du virus de la grippe A et B, et du SARS-CoV-2 par RT-PCR dans un contexte d’exposition à risque à un virus influenza zoonotique

Objectifs de l’évaluation

L’objectif de ce travail était de :

• définir la place de la détection des génomes des virus Influenza A et B de la grippe et du SARS-CoV-2 par RT-PCR dans la stratégie diagnostique d’un cas suspect de grippe humaine due à un virus influenza d’origine zoonotique ;
• évaluer les performances diagnostiques de la RT-PCR détectant la grippe A et B saisonnière pour la recherche d’un virus influenza A d’origine zoonotique chez les patients présentant des symptômes compatibles avec une infection par le virus SARS-CoV-2 ou une infection respiratoire hivernale, dont la grippe, dans un contexte d’exposition à risque à un virus influenza zoonotique ;
• préciser les conditions de prélèvements respiratoires chez les cas possibles d’infection due à un virus influenza porcin ou aviaire.

Ce travail a été mené en vue d’une extension d’indication d’un acte déjà pris en charge, en période de co-circulation du virus SAS-CoV-2 et des virus grippaux, par le système national d’assurance maladie en France. La prise en charge de cet acte dans cette indication s’étendrait à toute l’année.

Méthode d’évaluation

Cette évaluation a consisté à analyser et à synthétiser les données issues d’une recherche rapide non systématique de la littérature et à consulter les parties prenantes concernées par le sujet.

Conclusion

Les éléments disponibles (éléments du contexte, recommandations françaises et internationales et point de vue des parties prenantes interrogées) ont permis à la HAS de confirmer la place de la RT-PCR détectant les génomes des virus de la grippe A et B, et du SARS-CoV-2 chez des patients rapportant une exposition à risque à un virus influenza zoonotique et présentant des symptômes compatibles avec une infection par le virus SARS-CoV-2 ou une infection respiratoire hivernale, dont la grippe.

• Un résultat positif à la grippe B ou au SARS-CoV-2 permet un diagnostic d’exclusion d’une grippe zoonotique.
• Un résultat positif à la grippe A doit être suivi d’un sous-typage pour toute personne présentant un tableau clinique d’infection respiratoire aiguë (IRA) et rapportant une exposition à risque.
• Un résultat positif à la grippe A, avec absence de sous-typage humains (c’est à dire (H1N1)pdm09 et A (H3N2)) doit faire suspecter une grippe zoonotique.
• En l’absence de données de performances diagnostiques de la RT-PCR ciblant le génome des virus de la grippe A pour détecter un virus influenza d’origine zoonotique chez des patients symptomatiques rapportant une exposition à risque et compte tenu de l’évolution génétique constante des virus influenza A, y compris dans cette zone conservée du génome viral, un ré-sultat négatif ne doit pas exclure une grippe zoonotique.

Des données récentes de surveillance des virus influenza porcins dans les populations porcines et des virus influenza aviaires dans l’avifaune sauvage montrent une circulation de ces virus toute l’année. Ces données confirment la nécessité de proposer une prise en charge de l’acte de détection par RT-PCR des virus de la grippe A et B, et du SARS-CoV-2, quelle que soit la période de l’année.

Afin d’optimiser la détection du virus, la RT-PCR détectant les génomes des virus de la grippe A et B, et du SARS-CoV-2 doit être réalisée le plus rapidement possible après le début des symptômes.

Pour la détection des virus influenza A qu’ils soient d’origine humaine ou zoonotique, la technique de RT-PCR doit être spécifique du gène de matrice M (région conservée parmi les virus influenza A) avec des amorces et sondes actualisées aux virus influenza de type A en circulation.

La HAS rappelle que les conditions de prélèvements respiratoires chez les cas possibles d’infection due à un virus influenza zoonotique préconisées par le Haut conseil de la santé publique doivent être strictement respectées notamment :

• le port d’un appareil de protection respiratoire (type FFP2), de lunettes, de surblouse et de gants à usage unique (précautions complémentaires aéroportées et contact) ;
• la localisation préférentielle du prélèvement respiratoire (voies aériennes supérieures ou prélèvement pulmonaire profond) qui doit être fonction du type de virus zoonotique suspecté :
  • pour les virus porcins : un prélèvement respiratoire nasopharyngé doit être réalisé systématiquement, éventuellement couplé à un prélèvement respiratoire profond (lavage broncho-alvéolaire ou à défaut aspiration trachéale) si le patient est hospitalisé,
  • pour les virus aviaires : un prélèvement à minima nasopharyngé doit être réalisé, si possible couplé à un prélèvement respiratoire profond (lavage broncho-alvéolaire ou à défaut aspiration trachéale) si le patient est hospitalisé.

Par ailleurs, les laboratoires doivent être prévenus par les autorités sanitaires de la présence de prélèvements provenant de cas possibles d’infection à virus influenza zoonotique et veiller à la stricte application des précautions d’hygiène.